במרכז נונה ארבע מקהלות פעילות בהן שרים קרוב ל-200 זמרות וזמרים המגיעים מישובי המועצה האזורית חוף הכרמל והסביבה. מקהלות המרכז מרבות להופיע על מיטב הבמות בארץ ומשתפות פעולה עם מנצחים, מקהלות, תזמורות, מוזיקאים ואומנים. בנוסף לפעילות השוטפת של המקהלות, מקיים המרכז מגוון פעילויות, ביניהן תוכנית ״גנים שרים״ לגיל הרך, שיעורי קול פרטניים במסגרת הסטודיו לפיתוח קול, סדנת אמנויות הבמה בחודשי הקיץ, תוכניות שירת רבים לקהל הרחב, תוכניות קונצרטים לקהלי יעד שונים, וביה״ס למנצחי מקהלות במסגרתו מגיעים מנצחים מכל רחבי הארץ להשתלמויות, קורסים וסדנאות במטרה להתמקצע בתחום. מרכז נונה רואה עצמו כנדבך חשוב בחיי הקהילה ופועל לתרום לה תרומה משמעותית באמצעות מגוון תכניות של "מקהלה בקהילה".